Bereketli toprakları ve iklim koşulları ile Büyük Menderes Havzası, tarihin her döneminde yaşam için son derece uygundur ve bu özelliği onu bir "Uygarlıklar Vadisi" haline getirmiştir. Havzanın yoğun kültürel gelişimine tanıklık eden Beşparmak Dağları'ndaki kaya resimleri, bize bu süreci günümüzden onbin yıl öncesine taşıyor. Bu süreçte, Aydın'ın özellikle eşsiz konumu, İzmir, Denizli ve Muğla yol güzergahlarının kavşağında bulunması nedeniyle, çok önemli bir rol oynamıştır.
Aydın'da Prehistorik Devirlerde yoğun bir iskan faaliyeti görülmüştür ve birçok höyük ve yerleşim yeri tespit edilmiştir. Bunların arasında en önemlisi ise bugün Belediye sınırları içerisinde bulunan Deştepe veya Dedekuyusu höyüğüdür. Höyükten elde edilen seramik buluntular, yerleşimin tarihini M.Ö. 4500 yıllarına götürmektedir. Araştırmacıların Ege ve Orta Anadolu'daki incelemeleri sonucunda, Aydın'ın tarihinin ilk bilgileri Hitit kaynaklarından elde edilmiştir.
Aydın'ın eski isimleri
Aydın, tarihi dönemlerde çeşitli kavimlerin etkisi altında kalmıştır. Antik Çağ Yazarlarından Strabon, Aydın'ın Argoslu ve Trakyalı Kavimler tarafından kurulduğunu belirtmiştir ve Aydın'ın önceki adının Atria olduğunu ifade etmiştir.
Aydın, 1282'de Menteşe Bey tarafından fethedilerek Menteşeoğulları topraklarına katılmıştır. Türkler tarafından buranın adı, "Güzelhisar" olarak değiştirilmiş ve yeni bir kent kurulmuştur. Bu kent daha sonra Aydınoğulları idaresine geçmiş ve 1426'da II.Murat tarafından Osmanlı topraklarına katılmıştır.
Aydın'ın adı, XVII. yüzyıla kadar "Güzelhisar" olarak kalmasına rağmen, Anadolu Eyaletinde aynı isimde başka bir şehirle karıştırılmaması için "Aydın - Güzelhisarı" ya da "Güzelhisarı - Aydın" şeklinde adlandırılmıştır. Bu isimlerin sonunda Aydın halkı, "Güzelhisar" ismini unutturarak, Aydın adını benimsemiştir. Güzelhisar ismi ise şehrin bir mahallesinin ismi olarak yaşatılmaktadır.