Mersin, tarihte Klikya olarak da bilinen, çok sayıda uygarlığın hükümdarlığı altına girmiş bir şehirdir.

Öncelikle Hititler, Frigler, Asurlular, Persler, Makedonyalılar, Romalılar, Bizanslılar'ın hükmü altında kalmış olan Mersin, XI. yüzyılda Selçukluların, XIV. yüzyılda Karamanoğulları ve Ramazanoğulları, XV. yüzyılda ise Osmanlı İmparatorluğu'nun egemenliği altına geçmiştir. Yıldırım Beyazıt döneminde, Osmanlı yönetimi ile tanışan Mersin, I. Dünya Savaşı sırasında İtilaf Devletlerinin işgaline maruz kalmış, ancak Milli Mücadele sonucunda 3 Ocak 1922'de tekrar Türk egemenliğine dahil olmuştur. Şehir, 1924 yılında Mersin adı ile vilayet statüsü kazanmıştır. Ancak, 1933 yılında Mersin ve İçel birleştirilerek İçel ismini almıştır. 28 Haziran 2002 tarihli Resmi Gazete'de yayımlanan 4764 sayılı Kanunla da İl'in adı yeniden Mersin olmuştur.

XII. yüzyılda Türkler, Göksu Irmağı'nın çevresindeki bölgeye "İçel" adını vermiştir. Bölgenin adının bu şekilde konulmasının nedeni, dağlar arasında girilmesi ve görülmesi zor olduğu için olduğu düşünülmektedir.

Mersin adının kökeni konusunda iki temel görüş bulunmaktadır. Bunlardan birincisi, Akdeniz iklimine özgü Myrtus-Mersin ağacını, diğer bir isimle Hambales'i öne çıkarır. Bu görüşe göre, Mersin ağacı bu bölgenin isim babasıdır. İkinci görüş ise, "Mersinoğulları" veya "Mersinoğlu" adındaki bir Türkmen ailesinin, Mersin ismine esin kaynağı olduğunu savunur. Osmanlı gezgin Evliya Çelebi, seyahatnamesinde bu bölgede yetmiş evli bir Türkmen ailesinin yaşadığını ve ailenin adının Mersinoğlu olduğunu belirtmiştir. Bir başka görüşe göre ise, Mersin ismi bir bitkiden ziyade, bu bölgede yaşayan Mersinoğlu adlı aşiretten gelmektedir. Ayrıca Mersin adı, Anadolu'nun çeşitli bölgelerinde, örneğin İzmir, Ordu ve Trabzon gibi yerlerde, Mersin veya Mersinlik adında köylere rastlamak da mümkündür.